После победы над Анубисом, люди начали изучение старого аванпоста Древних в Антарктиде, в результате чего был найден адрес звёздных врат давно потерянного города Древних. Для его изучения была создана специальная экспедиция отправившаяся в галактику Пегас через врата. Прибыв на место, члены экспедиции поняли, что Атлантида находиться под водой, а энергии МНТ, которая используется для поддержания щита сдерживающего воду, становиться с каждой минутой всё меньше. Не имея возможности открыть тоннель назад в родную галактику, группа полковника Самнера отправилась через врата на одну из планет галактики Пегас, дабы найти источник энергии для поддержания щита. Однако вместо этого они нашли себе нового врага - Рэйфов. Расу куда более опасную и жестокую, чем они когда-либо встречали в родной галактике. И в то время как команда Самнера начала сражение за свои жизни и жизни жителей деревни которую атаковали Рэйфы, щит Атлантиды разрушился